A partir de 2005 luego de los hechos represivos en contra de la población por parte de la policía nacional civil y el ejercito, la región pastoral del altiplano de San Marcos, propone que la problemática minera sea una de las prioridades de la Diócesis, conformándose la Comisión Diocesana contra la Minería, desde la que se siguió impulsando el trabajo y se desarrolla la primera consulta comunitaria que se llevó a cabo en el municipio de Sipakapa el 18 de junio de 2005.

A partir de enero de 2007, la Diócesis de San Marcos decide conformar la Comisión Pastoral Paz y Ecología (COPAE), es la comisión de la Pastoral Social, encargada de brindar acompañamiento a las comunidades que se encuentran amenazadas o están en resistencia a los megaproyectos (minería química de metales e hidroeléctricas) que el gobierno central impulsa para el departamento de San Marcos. Nuestro trabajo lo desarrollamos con la base organizativa de las parroquias y con las expresiones que las diversas comisiones o pastorales han venido acompañando.

Basamos nuestro trabajo en fortalecer un mismo Estado de Derecho para todos y todas, mediante el impulso de acciones democráticas como las consultas comunitarias, la resistencia pacífica, la investigación, el monitoreo ambiental y la asesoría jurídica para salvaguardar el bien común sobre el interés particular.